Históriu prešovskej hádzanej začal písať v roku 1952 športový klub Slávia ČSSZ, neskôr Tatran.
Prvý titul majstra Československa získal Tatran v sezóne 1968/69. V sezóne 1971/72 získal Tatran svoj najväčší medzinárodný úspech, keď v Pohári európskych majstrov skončil v semifinále. Časté personálne zmeny a finančné problémy dostali tento najúspešnejší slovenský klub v sezóne 1993/1994 na pokraj krachu.
V roku 2001 sa prešovský hádzanársky klub sa pretransformoval na obchodnú spoločnosť ŠK Farmakol Tatran Prešov. Finančne a personálne posilnený klub začal opäť pracovať v dôstojných podmienkach. Za 40 mesiacov, sa vypracoval na jeden z najúspešnejších športových klubov Slovenska. V sezóne 2003/2004 sa klub už pod pôvodnou hlavičkou TATRAN Prešov stal víťazom Česko-Slovenskej Interligy HIL, víťazom Česko-Slovenského Superpohára, získal titul majstra Slovenskej republiky a zvíťazil v Slovenskom pohári.
HC Tatran Prešov sa stal vicemajstrom v česko-slovenskej lige HIL v sezóne 2004/2005, viacnásobným majstrom Slovenskej republiky a víťazom Slovenského pohára. Úspechy dosiahol aj na medzinárodnom poli v Lige Majstrov i ako účastník pohára EHF.
V sezóne 2007/2008 HC Tatran Prešov získal všetky trofeje, ktoré v Čechách a na Slovensku získať mohol. Zvíťazil v Českej Zubr extra lige, stal sa majstrom Slovenskej republiky, získal Slovenský pohár, bol účastníkom Ligy Majstrov, osemfinalistom v PVP.