Vladyka Ján Babjak, SJ sa narodil 28. októbra 1953 v Hažíne nad Cirochou.
Teologické štúdiá absolvoval na Cyrilometodskej bohosloveckej fakulte v Bratislave. Kňazskú vysviacku prijal 11. júna 1978 v Prešove z rúk križevackého biskupa Joachima Szégedyho.
Pôsobil v Prešove, v Ľubici, Bratislave i Ríme. Tam absolvoval licenciátne štúdiá na Pápežskom východnom inštitúte. V roku 1996 obhájil doktorát na Pápežskom východnom inštitúte v Ríme. Päť rokov bol riaditeľom Centra spirituality Východ – Západ Michala Lacka v Košiciach. Súčasne pôsobil pôsobil ako vysokoškolský pedagóg.
Počas celého svojho pôsobenia vyvíjal bohatú publikačnú činnosť. Významnou je 8-dielna publikácia Zostali verní – osudy gréckokatolíckych kňazov. V roku 1998 sa stal spoluzakladateľom ikonopiseckej školy v Košiciach. Od roku 2001 je zakla¬da¬¬júcim členom Spolku sv. Cyrila a Metoda.
Za prešovského eparchu bol vymenovaný 11. decembra 2002. Konsekrovaný bol 6. januára 2003 Svätým Otcom Jánom Pavlom II. v Bazilike sv. Petra Ríme. Intronizácia sa uskutočnila 18. januára 2003 v Katedrále sv. Jána Krstiteľa v Prešove. Stal sa ôsmym sídelným prešovským gréckokatolíckym biskupom.
Za doterajšieho pôsobenia vladyku sa zrealizovali viaceré prestavby a rekonštrukcie v interiéroch biskupskej rezidencie v Prešove. Katedrálny chrám sa stále viac stáva vyhľadávaným miestom duchovného života a cieľom turistov.
Vladyka Ján Babjak sa intenzívne venuje mladým. V roku 2004 zriadil gréckokatolícke cirkevné gymnázium v Prešove, v roku 2006 Centrum voľného času a cirkevnú školu v prírode v Juskovej Voli a o rok na to otvoril Gréckokatolícke mládežnícke centrum v Prešove.