Prešovská univerzita vznikla 1. januára 1997 rozdelením Univerzity Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach. Nadviazala na bohaté tradície školstva v Prešove, ktoré sa vyvíjali od stredovekej farskej mestskej školy cez Evanjelické kolégium, gréckokatolícku Bohosloveckú akadémiu a učiteľský ústav až po Pravoslávnu bohosloveckú fakultu a po vznik pobočky Pedagogickej fakulty Slovenskej univerzity v Košiciach (1952), ktorá sa stala základom pre budúcu Filozofickú fakultu.
Univerzita vznikla osamostatnením štyroch prešovských fakúlt; Filozofickej, Pedagogickej, Gréckokatolíckej bohosloveckej a Pravoslávnej bohosloveckej fakulty. Pôvodná Pedagogická fakulta sa vznikom Prešovskej univerzity rozdelila na dve pracoviská a to na Pedagogickú fakultu a Fakultu humanitných a prírodných vied. V čase svojho vzniku mala Prešovská univerzita päť fakúlt. V roku 2002 k nim pribudla Fakulta zdravotníctva a v roku 2004 Fakulta športu a Fakulta manažmentu.
Z Prešovskej univerzity sa počas jej krátkeho trvania stala moderná a dynamická výchovno-vzdelávacia ustanovizeň s pedagogicko-výskumnými pracoviskami, ktoré sú vybavené modernými informačno-komunikačnými systémami.
Životaschopnosť Prešovskej univerzity sa prejavuje nielen v rozšírení pôvodného počtu fakúlt ale aj v náraste počtu poslucháčov. Od vzniku Prešovskej univerzity sa počet študentov zdvojnásobil. V súčasnosti ju navštevuje 10 230 poslucháčov.
Univerzita pripravuje študentov vo viac ako 180 študijných programoch. O zahraničnej akceptácií univerzity svedčia mnohé kontakty sa zahraničnými partnermi v Austrálii, Belgicku, Bielorusku, Bulharsku, Českej republike, Francúzsku, Grécku, Indii, Japonsku, atď. V roku 2004 sa prihlásila k celosvetovému programu Magna Charta Universitatum.
Prešovský kraj reprezentujú nielen výchovno vzelávacie aktivity tejto ustanovizne ale aj množstvo ďalších aktivít medzi ktoré bezpochyby patrí činnosť folklórneho súboru Torysa, Študentského divadla, už tradičná študentská súťaž známa ako Akademický Prešov, komorný orchester súboru CAMERATA ACADEMICA, ženský spevácky zbor IUVENTUS PAEDAGOGICA, Zbor sv. Rommana Sladkopevca, Spevácky študentský zbor pri Pravoslávnej bohosloveckej fakulte ako aj študentské športové telesá pri TJ Slávia Prešov.